Nước sông Nin ảnh hưởng đến các thể chế chính trị Đông Phi và Sừng châu Phi trong nhiều thập kỷ. Các quốc gia gồm Uganda, Sudan, Ethiopia và Kenya đã phàn nàn về việc Ai Cập thống trị nguồn tài nguyên nước. Sáng kiến lưu vực sông Nin thúc đẩy hợp tác hòa bình giữa các nước.[11][12]

Nhiều nỗ lực đã được thực hiện nhằm thiết lập những thỏa thuận chia sẻ nước sông Nin giữa các quốc gia này. Nhưng rất khó khăn để đạt được thỏa thuận của tất cả các quốc gia trên về lợi ích của họ và những khác biệt về chính trị, chiến lược và xã hội. Ngày 14 tháng 5 năm 2010 tại Entebbe, Uganda, Ethiopia, Rwanda, Tanzania và Uganda đã ký một thỏa thuận mới về chia sẻ nước sông Nin mặc dù thỏa thuận này chịu sự phản đối mạnh mẽ của Ai Cập và Sudan. Lý tưởng nhất, những thỏa thuận như thế này nhằm thúc đẩy việc sử dụng hiệu quả và công bằng nguồn tài nguyên nước lưu vực sông Nin. Nếu không có sự hiểu rõ hơn về sự sẵn có của nguồn tài nguyên nước trong tương lai của sông Nin, thì sẽ có nhiều cuộc xung đột giữa các quốc gia dựa vào nguồn cấp nước, phát triển kinh tế và xã hội từ sông Nin.[13]